Die Emulation bietet offenkundig einige Vorteile gegenüber der Simulation. Trotzdem existieren beide nebeneinander, denn die Emulation hat auch einige Nachteile. - Emulation ist schneller als Simulation, aber langsamer als die gefertigte Schaltung. - Das Timing der emulierten Schaltung ist anders als das der entworfenen Schaltung (z.B.können Glitches nicht detektiert werden). - Es gibt strukturelle Unterschiede bei der Abbildung auf FPGAs bzw. auf ASICs (z.B. bei der Behandlung von Tri-State-Netzen) . - Emulation ist eine rein funktionelle Verifikationsmethode. Während Simulatoren heute mit Taktraten zwischen einigen Hertz und wenigen Kilohertz laufen, werden Emulatoren üblicherweise im Bereich von einem bis zu zweihundert Megahertz betrieben. Trotzdem sind sie immer noch langsamer als die gefertigte Schaltung. Das liegt an den zusätzlichen Verzögerungszeiten, die ein Emulator durch die rekonfigurierbare Logik hat. Dazu tragen sowohl die rekonfigurierbaren Netze mit ihren Passtransistoren als auch die CLBs mit ihren Konfigurationselementen bei. Besonders groß werden die Verzögerungszeiten, wenn die Schaltung zusätzlich auf mehrere FPGAs partitioniert werden muss. Um eine Schaltung schon vor der Fertigung verifizieren zu können, ist es wichtig, ihr späteres Zeitverhalten zu kennen. Dazu müssen die Verzögerungszeiten der einzelnen Gatter und nach Möglichkeit auch der Signalleitungen bekannt sein. Dann kann in der Schaltungssimulation die Verzögerung durch die einzelnen Schaltungskomponenten berücksichtigt und das zeitliche Verhalten der Schaltung realistisch nachgebildet werden. In der Emulation ist dies höchstens sehr eingeschränkt möglich. Da die Schaltung direkt auf die Hardware des Emulators abgebildet wird, arbeitet sie auch mit deren Verzögerungen. Ein CLB hat aber nur in Ausnahmefällen die gleiche Verzögerung wie das Gatter, was darauf abgebildet wurde, in einem ASIC. Genauso verhält es sich mit den Leitungen. Eine Emulation wird sich bei richtiger Wahl der Taktrate taktgenau verhalten. Effekte, die in ihrer Größenordnung darunter liegen, können nicht von einer Emulation abgeleitet werden. Dazu gehören zum Beispiel Glitches. FPGAs und damit die aus ihnen aufgebauten Emulatoren sind darauf ausgelegt, binäre Logik abzubilden. Das führt zu mehreren Einschränkungen: Heutige Schaltungen enthalten häufig so genannte dreiwertige Logik (engl. Tristate-Logic). Diese Art von Logik ist insbesondere für den Aufbau von Bussystemen geeignet. An einem solchen Bus sind die Ausgänge von mehr als einem Gatter angeschlossen. Normalerweise würden diese Ausgänge häufig verschiedene logische Pegel treiben und damit elektrische Kurzschlüsse verursachen. Die Tristate-Logik schafft hier Abhilfe. Nur ein Gatter treibt das Tristate-Netz, alle anderen sind im hochohmigen Zustand, wodurch der Signalpegel auf dem Netz eindeutig bleibt. Eine solche Anordnung stellt für einen Emulator allerdings ein Problem dar. Lookup-Tables müssen immer einen binären Wert an ihrem Ausgang treiben. Multiplexer müssen immer eines ihrer Einganssignale zum Ausgang durchleiten. Eine direkte Abbildung von Tristate-Logik auf Emulatoren ist also nicht möglich. Um dieses Problem zu umgehen, verfügen einige FPGAs über zusätzliche Tristate-Logik-Resourcen. Damit ist eine direkte Abbildung möglich, jedoch wird der Abbildungsvorgang komplizierter, da das Abbildungswerkzeug die verschiedenen Logiktypen verwalten und verknüpfen muss. Eine andere Möglichkeit besteht darin, die Tristate-Logik in binäre Logik zu transformieren. Das ist dann möglich, wenn man einen Defaultwert vorgibt, den ein Tristate-Netz haben soll, wenn es von gar keinem Gatterausgang getrieben wird. Die resultierende binäre Logik ist umfangreicher als die ursprüngliche dreiwertige, lässt sich aber auch auf gewöhnliche FPGAs abbilden . Für diesen Fall wird besonders deutlich, dass eine Schaltung auf einem Emulator mit einer gleichwertigen als ASIC gefertigten Schaltung nichts weiter gemein hat als die gleiche Funktion. Durch Einführung zusätzlicher logischer Pegel zwischen "high" und "low" können in der Schaltungssimulation die Auswirkungen von nicht-digitalen Effekten wie unterschiedliche Treiberstärken modelliert werden. Bei Verwendung eines Emulators ist das nicht möglich.