Um die rekonfigurierbaren Logikblöcke untereinander verbinden zu können, sind rekonfigurierbare Netze notwendig. Dazu werden Verdrahtungskanäle zwischen den CLBs vorgesehen, in die Bündel von Signalleitungen gelegt werden. An den Stellen, wo Verbindungen zu den Ein- und Ausgängen der am Kanal gelegenen CLBs geschaffen werden müssen und vor allem an den Kreuzungspunkten der senkrecht zueinander verlaufenden Kanäle befinden sich Schaltmatrizen, die eine freie Konfiguration der Verbindungen ermöglichen. An jeder Stelle, wo zwei Leitungen sich kreuzen, werden so genannte Passtransistoren zwischen den Leitungen angebracht. Zudem werden die Leitungen selbst auch jeweils mit einem Passtransistor unterbrochen. Dadurch treffen sich vier getrennte Leitungen miteinander, von denen jede mit jeder über einen Passtransistor verbunden werden kann. Auf die Art können Überkreuzungen, Abzweigungen und Richtungswechsel realisiert werden. Die Konfiguration eines Knotenpunkts wird dadurch vorgenommen, dass man festlegt, welche Passtransistoren sperren und welche ein Signal durchschalten sollen. Jedes Gate eines Passtransistors ist mit einem Latch verbunden, das den Konfigurationswert speichert. Durch die Passtransistoren werden Leitungen von einem CLB zu einem anderen aus mehreren Leitungsteilen zusammengesetzt. Der Anzahl an Leitungen, die in einem Leitungskanal untergebracht werden können, sind jedoch Grenzen gesetzt. Es kommt daher in der Praxis vor, dass nicht alle CLBs eines FPGAs benutzt werden können, da bereits alle Leitungsresourcen für die Verbindungen anderer CLBs aufgebraucht wurden. Meist sind solche Engpässe nur auf einen Bereich eines FPGAs beschränkt. Analog zum Straßenverkehr spricht man auch von einer "Signal Congestion" (congestion (engl.) = Stau). Dann lässt sich Abhilfe meist dadurch schaffen, dass man die zu implementierenden Funktionen anders auf die CLBs im FPGA verteilt und damit die Leitungsdichte in dem Bereich verringert.