Die Mutation ist eine weitere genetische Operation. Nachfahren werden hier dadurch erzeugt, dass zufällig Vertauschungen an den Genen durchgeführt werden. Die Mutation wird durch die Mutationsrate gesteuert. Sie gibt das Verhältnis der Vertauschungen zur Anzahl der Gene an.
Das Beispiel zeigt das ursprüngliche Individuum. Durch zweifache Mutation (Vertauschung von a mit c, anschließend Vertauschung von c und g) entsteht das Nachfolgeindividuum, das zufälligerweise dieselbe Fitness aufweist.